الفهرس 
INTRODUCTION & AIM OF THE WORKOnly 14 pages are availabe for public view
 |  | from | 48 |  |  |
| | | from | 48 | | |
Abstract
تعتبر فصائل الأسينيتوباكتر من الكائنات الحية الدقيقة والتى تعيش طليقة وموجودة في العينات الاكلينيكية والظروف البيئية المختلفة وهى عبارة عن عصيات قصيرة مستديرة ثنائية سالبة الجرام ذات تهوية اضطرارية، موجبة لإختبار الكاتلاز، سالبة لإختبار الاوكسيداز، متحركة، غير مخمره للسكر، وتنمو بسهولة على الأنواع الشائعة من البيئات المعملية. إن الأسينيتوباكتر بومنيياى لديها القدرة على البقاء على قيد الحياة لفترات طويلة في ظل مجموعة واسعة من الظروف البيئية وعلى الأسطح مما يجعلها سببًا متكررًا للعدوى وتفشيها بالمستشفيات خاصة في وحدة العناية المركزة، وحدة القلب المركزة والمرضى الداخليين. يستهدف هذا الكائن المرضى الذين يعانون من نقص المناعة ويسبب مجموعة واسعة من الإلتهابات، مثل تجرثم الدم، الجهاز التنفسي، المسالك البولية، الجروح والتهابات المرتبطة بالقسطرة. تتمثل إحدى السمات الأكثر لفتًا للانتباه في الأسينيتوباكتر بومنيياى في قدرتها غير العادية على تطوير آليات مقاومة متعددة ضد معظم فئات المضادات الحيوية، مما أدى إلى ظهور وانتشار مقاومة متعددة (MDR)، مقاومة واسعة النطاق (XDR) ومقاومة شاملة للأدوية (PDR).
هدفت هذه الدراسة إلى تقييم معدلات الإصابة بالعدوى المكتسبة بالمستشفيات، والمظهر المقاوم للمضادات الحيوية للأسينيتوباكتر بومنيياى المعزولة من المرضى في مستشفيين جامعيين رئيسيين في صعيد مصر (مستشفي جامعة الأزهر ومستشفيات جامعة أسيوط)، تليها دراسة آليات مقاومة الفلوروكينولون. علاوة على ذلك ، تهدف الدراسة إلى تقييم إستخدام تركيبات السيبروفلوكساسين أو الليفوفلوكساسين المختلفة مع العديد من العوامل المضادة للميكروبات وغير المضادة للميكروبات كمحاولة للسيطرة على هذا العامل الممرض الذي يهدد الحياة. تم عزل 1600 عزلة سالبة الغرام من عينات سريرية مختلفة. من بين هؤلاء، تم تحديد 977 عزلة (61.06٪) على أنها مخمرة لسكر اللاكتوز و 623 عزلة (38.94٪) تم تحديدها على أنها غير مخمرة لسكر اللاكتوز. تم التعرف على العزلات السريرية على أنها الإيشيريشيا كولاى (667؛ 41.69٪)، أنواع كلبسيلا (405؛ 25.31٪)، سودوموناس ايروجينوزا (391؛ 24.44٪ )، أنواع بروتيوس (22؛ 1.38٪)، الأسينيتوباكتر بومنيياى (100؛ 6.25٪)، سراشيا مارسيسينز (15؛ 0.94٪) . شكلت عزلات الأسينيتوباكتر بومنيياى المستعادة 6.25٪ من مجموع العزلات المجمعة. تم الحصول على العينات التي أظهرت أعلى نسبة (61٪ ، 61/100) من تلوث الأسينيتوباكتر بومنيياى من الجهاز التنفسي (أنابيب التنفس الصناعى، 29 ؛ الأنف، 17 ؛ البلغم، 13 ؛ الحلق، 2) بينما 9 و 12٪ من السلالات تم عزلها من المسالك البولية (غير المرتبطة بالقسطرة) والتهابات الدم ، على التوالي. أعطت عزلات الجروح، الجلد، المسالك البولية والقسطرة الوريدية المركزية 6، 2، 8 و 2 عزلة من عزلات الأسينيتوباكتر بومنيياى على الترتيب .
تم عزل الأسينيتوباكتر بومنيياى من وحدات العناية القلبية (CCU) ووحدات العناية المركزة (ICU) وأجنحة المرضى الداخليين (IP) في مستشفيين مختلفين. تم الحصول على أعلى نسبة (77٪) من العزلات من أنواع مختلفة من العناية المركزة (وحدة العناية المركزة العامة، والصدر، والنساء، والعصبية والعظام) تليها (14٪) من أجنحة المرضى الداخليين وأقل نسبة (9٪) كانت من وحدة العناية المركزة. كان الذكور أكثر عرضة للإصابة بالأسينيتوباكتر بومنيياى من الإناث. كان متوسط عمر المرضى 47.9 سنة. حدثت الإصابة بالأسينيتوباكتر بومنيياى بين أعمار تراوحت بين 6 أشهر و 85 سنة. تم الحصول على أعلى نسبة (38٪) من العزلات من مرضى تراوحت أعمارهم بين 18-40 سنة بينما سجلت أقل نسبة (2٪) بين المرضى في السنوات الأولى من حياتهم. تم عزل معظم سلالات الأسينيتوباكتر بومنيياى (71٪) من المرضى الذين عولجوا بالفلوروكينولونات ، بينما تم عزل الباقي (29٪) من هذه العزلات من المرضى الذين عولجوا بمضادات حيوية أخرى مثل السيفالوسبورينات والإيميبينيم والأموكسيسيلين أو مزيج (أموكسيسيلين – حامض كلافولانيك). شملت أمراض المرضى الذين تم الحصول على عزلات الأسينيتوباكتر بومنيياى منهم كالأتى: الجراحة، القسطرة، أنابيب التنفس الصناعى والأمراض المزمنة مثل السكري، الربو الشعبى وفشل القلب. كان متوسط مدة بقاء المريض في المستشفيات 6 أيام. حدثت عدوى الأسينيتوباكتر بومنيياى في غضون 3 إلى 13 يومًا من مدة الإقامة في المستشفى.
تم تحديد أنماط الحساسية للمضادات الميكروبية لمائة من عزلات الأسينيتوباكتر بومنيياى والتي أظهرت إنتشار مقاومة عالي ≥ 78٪ لعزلات الأسينيتوباكتر بومنيياى التي تم إختبارها ضد 19 عامل مضاد للميكروبات باستثناء الدوكسيسيكلين و كوليستين حيث أظهر إنتشار المقاومة 57٪ و 5٪ على التوالي. من بين 100 عزلة، ستة وثمانون عزلة كانت مقاومة للسيبروفلوكساسين، وإمتد مدى الحد الأدنى من التركيز المثبط (MIC) من 8 إلى 64 ميكروغرام / مل بينما كانت 14 عزلة حساسة للسيبروفلوكساسين (أقل من 0.125 ميكروغرام / مل). اثنتان وثمانون عزلة كانت مقاومة للليفوفلوكساسين ، وتراوح الحد الأدنى من التركيز المثبط (MIC) من 4 إلى 32 ميكروغرام / مل. من ناحية أخرى ، كانت العزلات الـ 18 المتبقية حساسة للليفوفلوكساسين (أقل من 0.125 ميكروغرام / مل). أظهر تحليل الخصائص المقاومة لعزلات الأسينيتوباكتر بومنيياى الناتجة (100 عزلة) رصد عزلتين (2٪) على أنها ذو مقاومة شاملة للأدوية (PDR) ، و 68٪ مقاومة ممتدة للأدوية (XDR) و30٪ من العزلات مقاومة متعددة للأدوية (MDR). وكانت عزلات PDR من الأسينيتوباكتر بومنيياى ومعظم عزلات XDR من مستشفيات جامعة أسيوط. أظهر إختبار الحساسية للعزلات المختبرة ضد 19 عاملًا مضادًا للميكروبات تنوعًا في مقاومتها. تم تقسيمها إلى 12 مظهرا رئيسيًا وفقًا لعدد العوامل المضادة للميكروبات التي كانت مقاومة لها. تراوح نطاق المقاومة من 6 إلى 19 من العوامل المضادة للميكروبات. المظهر الأول هو PDR (عزلتان)، تمثل عزلتان مقاومتان لـ 19 عامل مضاد للميكروبات. المظهر الثاني هو XDR (32 عزلة)، تمثل عزلات مقاومة لـ 18 عاملًا مضادًا للميكروبات. من ناحية أخرى، فإن ملامح المظاهر من 3 إلى 12 تمثل عزلات الأسينيتوباكتر بومنيياى المقاومة لـ 17 إلى 6 من 19 من العوامل المضادة للميكروبات المختبرة.
تم تحديد وبائيات العدوى المكتسبة من المستشفيات عن طريق عزلات الأسينيتوباكتر بومنيياى بواسطة طريقة التنميط الجيني باستخدام تقنية .ERIC-PCR تم الكشف عن طريق التحليل النسيلي أن العزلات المسترجعة لم تكن نسلية. أظهرت شجرة النشوء والتطور لـ ERIC-PCR أنه يمكن تقسيم العزلات إلى ثلاث مجموعات رئيسية. قد يكون التنوع الكبير في ثلاث مجموعات رئيسية بسبب مصادر التلوث المتعددة للأسينيتوباكتر بومنيياى .هذه النتيجة هو مؤشر على التوسع النسيلي والاستعمار الجرثومي من مصادر مختلفة.
تضمنت دراسة الآليات المسؤولة عن مقاومة عزلات الأسينيتوباكتر بومنيياى لـلفلوروكينولونات الأتى: الطفرة في الموقع المستهدف، إنتاج الطيف الممتد من البيتالاكتميز والمقاومة المرتبطة بالبلازميد. وجدنا ، أولاً ، أن تحليلات الطفرة فى الموقع المستهدف للعزلات الإثنا عشر المختارة من الأسينيتوباكتر بومنيياى والخاضعة للتحليل التتابعى تمثل 12 مظهرا. إثنان من العزلات حساسة لـلسيبروفلوكساسين من النوع البري. عشر عزلات مقاومة لـلفلوروكينولونات 9 منهم (9/10 : 90٪) بها طفرات gyrA 1 /1 parC (Ser81← Leu) طفرة لجين gyrA و Ser 84 ←Leu طفرة لجين parC. كانت العزلة المقاومة للسيبروفلوكساسين المتبقية (1/10؛ 10٪) تحتوي على طفرة 0 gyrA / 1 parC (طفرة Ser 84 ←Leu لجين parC). كان لجميع العزلات المختبرة طفرة صامتة في واحد أو أكثر من مواضع gyrA و parC أو كلاهما gyrA و parC. ثانيًا، أظهر إكتشاف الجينات المقاومة لـلـطيف الممتد من البيتا لاكتيمازلــ 86 عزلة المقاومة لـلسيبروفلوكساسين لثلاثة جينات أن هذه العزلات تحملCTX-M (33.72 ٪ ; 29/86)، SHV (48.84 ٪ ; 42/86) و Tem (66.28 ٪ ; 57/86). بالإضافة إلى ذلك، تأوي العزلات الحساسة لـلسيبروفلوكساسين أيضًا جينات مقاومة لـلـطيف الممتد من البيتا لاكتيماز؛ CTX-M (عزلة واحدة)، SHV (إحدى عشرة عزلة)، و Tem (ثماني عزلات). تم توضيح تسلسل النيوكليتيدات لهذه الجينات الثلاثة المختبرة ضد التسلسلات المودعة في قاعدة بيانات النيوكليتيدات NCBI. أظهر تسلسل الجزء المكثف (الأمبليكون) لـ CTX-M تماثله بنسبة 99.28 ٪ لـ Ctx-M15 وتم إيداعه في بنك الجينات تحت رقم الوصول KJ127475.1. أظهرت تسلسلات الأمبليكون للجينين الآخرين ، SHV و Tem ، ٪99.40 و 99.52٪ تطابق لـ SHV5 و TEM1، على الترتيب ، وتم إيداعهما في بنك الجينات تحت أرقام الوصول EF653399.1 لـ SHV و MF095058.1 لـ TEM. ثالثًا، الكشف عن البلازميدات; قد يكون عدد الأحزمة المتغير للبلازميدات فى كل عزلة هو أوزان جزيئية مختلفة لتمك البلازميدات والتى تم الكشف عنها في 99٪ من عزلات الأسينيتوباكتر بومنيياى الى جانب ذلك، عزلة واحده 1٪ لا تحتوي على أي بلازميد. حملت العزلات الـ 86 المقاومة للسيبروفلوكساسين qnrA (66.27٪; 57/86)، qnrS (70.93٪; 61/86)، aac (6’)-Ib-cr (52.32٪; 45/86)، oqxA (73.25 ٪ ; 63/86)، و oqxB (39.53٪; 34/86). على الرغم من أن 14 عزلة كانت عرضة للسيبروفلوكساسين، إلا أنه تم الكشف عن بعض الجينات المقاومة في هذه العزلات، والتي تضمنت qnrA (7/14)، qnrS (7/14)، aac (6 ’)-Ib-cr (3/14)، oqxA (12/14)، وoqxB (11/14). تم إختيار أربع عزلات مختلفة لتحديد التسلسل التتابعى فى جينات qnrS،aac (6’)-Ib-cr ، oqxA و oqxB. أظهرت نتائج التسلسل أن oqxAو oqxB لم يتم التعرف عليها في الأسينيتوباكتر بومنيياى ولكن تم التعرف عليها مسبقًا في سلالة الكلبسيلا إيروجينزNCTC9793 و الكلبسيلا نيمونى ، على الترتيب مع تطابق بنسبة 99.78٪ و 99.77٪. من ناحية أخرى، أظهر تسلسل qnrS وaac (6’)-Ib-cr تماثلًا مع تلك الخاصة بالأسينيتوباكتر بومنيياى المودعة في قاعدة بيانات بنك الجينات بنسبة تتراوح من 97.98٪ إلى 98.28٪.
دراسة الإرتباط بين المقاومة للسيبروفلوكساسين والمقاومة للعوامل الأخرى المضادة للميكروبات المختبرة فى عزلات الأسينيتوباكتر بومنيياى المختبرة وجود إرتباطات جوهرية بين المقاومة للسيبروفلوكساسين والمقاومة للجنتاميسين والجاتيفلوكساسين والليفوفلوكساسين ولكن عدم وجود إرتباط جوهرى مع مضادات الميكروبات الأخرى المختبرة. فى حين دراسة العلاقة بين جينات المقاومة المكتسبة للفلوروكينولون بواسطة عزلات الأسينيتوباكتر بومنيياى المختبرة وكل من :
(1) المقاومة للسيبروفلوكساسين أظهرت عن وجود إرتباطات جوهرية (p <0.05) بين المقاومة للسيبروفلوكساسين و الجينات CTX-M ، SHV ، aac (6’)-Ib-cr و OqxB ولكن عدم وجود إرتباط فى حالة جينات المقاومة المكتسبة المتبقية.
(2) قيم الحد الأدنى للتثبيط للسيبروفلوكساسين فى العزلات المختبرة أظهرت عن وجود إرتباطًا جوهريا فى حالة جين CTX-M المكتسب وعدم وجود ذلك الارتباط فى حالة الجينات الأخرى المكتسبة.
(3) نوع العينات أظهرت عن وجود ارتباطًا جوهريا (p <0.05) بين OqxB المكتسب ونوع العينات التي تم استرداد عزلات الأسينيتوباكتر بومنيياى المختبرة منها ، حيث سجل انتشار OqxB ≤ 50٪ بين عزلات الأسينيتوباكتر بومنيياى المسترجعة من الدم ، عينات القسطرة الوريدية المركزية ،الأنف، الجلد، قسطرة الجهاز البولى و الجروح. أظهرت جينات المقاومة المكتسبة الأخرى ارتباطات غير مهمة.
تم اختبار توليفة سيبروفلوكساسين أو ليفوفلوكساسين مع المضادات الحيوية الأخرى بما في ذلك الأمبيسيلين، السيفترياكسون، الأميكاسين أو الدوكسيسيكلين على 34 عزلة مختارة من الأسينيتوباكتر بومنيياى (إثنان ذات مقاومة شاملة للأدوية بالإضافة إلى 32 ممتدة المقاومة للأدوية) والتي ثبت أنها عزلات غير نسيليّة من الناحية الجينية. تم تنفيذ ذلك باستخدام البروتوكولات القياسية لحساب التركيزات المثبطة الجزئية (ƩFICs) . أظهرت النتائج تآزرًا في 23.5٪، 17.65٪، 32.35٪ و 17.65٪ من العزلات للمزيج المقابل من سيبروفلوكساسين مع الأمبيسيلين، سيفترياكسون، أميكاسين، ودوكسيسيكلين، على الترتيب والنسب المقابلة 26.47٪، 8.28٪، 14.71٪ و 26.47 نتيجة التآزرًمع ليفوفلوكساسين فى العزلات المختبرة. من ناحية أخرى، فإن الجمع بين الفلوروكينولون مع فانكومايسين لم يظهر أي تأثير تقريبًا. أظهرت تركيبة الفلوروكينولون مع غير المضادات الحيوية على حساسية عزلات الأسينيتوباكتر بومنيياى المقاومة المختارة أن الكلوربرومازين عند دمجه مع سيبروفلوكساسين أو ليفوفلوكساسين بتركيز 200 ميكروغرام / مل زاد عدد العزلات الحساسة للمضادات الحيوية بنسبة 44.12٪ و 94.12٪ على الترتيب . فى حين أن تركيز 0.5 مجم / مل بروبرانولول قلل من عدد العزلات المقاومة بنسبة 50٪ و 85.29٪ عند دمجه مع سيبروفلوكساسين أو ليفوفلوكساسين على الترتيب . ومن المثير للاهتمام ، أن بروبرانولول (1 مجم / مل) وديكلوفيناك الصوديوم (4 مجم / مل) أبطل تمامًا مقاومة الفلوروكينولون لجميع العزلات المختبرة عندما تم استخدام كل منها مع سيبروفلوكساسين أو ليفوفلوكساسين .